Синтетический учет нематериальных активов осуществляют на счетах 04 «Нематериальные активы», 05 «Амортизация нематериальных активов», 19 «Налог на добавленную стоимость по приобретенным ценностям», субсчет 2 «НДС по приобретенным нематериальным активам», и счете 91 «Прочие доходы и расходы».

Счет 04 активный, предназначен для получения информации о наличии и движении нематериальных активов, принадлежащих организации на правах собственности. Учет нематериальных активов на счете 04 осуществляют в первоначальной оценке. По некоторым видам нематериальных активов со счета 04 списывают на счета затрат начисленную амортизацию по этим активам.

На счете 05 «Амортизация нематериальных активов» отражают начисление и списание (при выбытии) амортизации по тем видам нематериальных активов, по которым погашение их стоимости производится с использованием счета 05.

Расходы по приобретению и созданию нематериальных активов относятся к долгосрочным инвестициям и отражаются по дебету счета 08 «Вложения во внеоборотные активы» с кредита расчетных, материальных и других счетов. После принятия на учет приобретенных или созданных нематериальных активов они отражаются по дебету счета 04 «Нематериальные активы» с кредита счета 08.

Нематериальные активы, внесенные учредителями или участниками в счет их вкладов в уставный капитал, целесообразно отражать на счете 08 (по аналогии с основными средствами). При этом задолженность учредителя по вкладу в уставный капитал отражают по дебету счета 75 «Расчеты с учредителями» и кредиту счета 80 «Уставный капитал». На стоимость поступивших в счет вклада в уставный капитал нематериальных активов составляют следующие бухгалтерские записи:

Дебет счета 08 «Вложения во внеоборотные активы» и Кредит счета 75 «Расчеты с учредителями»

Дебет счета 04 «Нематериальные активы»  и  Кредит счета 08 «Вложения во внеоборотные активы»|

Безвозмездно полученные нематериальные активы приходуются по дебету счета 08 «Вложения во внеоборотные активы» с кредита счета 98 «Доходы будущих периодов», субсчет 98-2 «Безвозмездные поступления». Со счета 08 первоначальная стоимость нематериальных активов списывается на счет 04 «Нематериальные активы».

Стоимость безвозмездно полученных нематериальных активов, учтенная на субсчете 98-2 «Безвозмездные поступления», в дальнейшем списывается ежемесячно в размере начисленных сумм амортизационных отчислений по объекту в кредит счета 91 «Прочие доходы и расходы».

Аналитический учет нематериальных активов осуществляют в карточке учета нематериальных активов. Карточка применяется для учета всех видов нематериальных активов. Открывается она на каждый объект в отдельности.

На лицевой стороне карточки указывают полное наименование и назначение объекта, первоначальную стоимость, срок полезного использования, норму и сумму начисленной амортизации, дату постановки на учет, способ приобретения, документ о регистрации и основные сведения по выбытию объекта (номер и дату документа, причину выбытия, сумму выручки от реализации).

На оборотной стороне карточки изложена характеристика объекта нематериальных активов.

Основными видами выбытия нематериальных активов являются их продажа, безвозмездная передача, передача в счет вклада в уставные капиталы других организаций.

При выбытии нематериальных активов в результате их продажи, списания, безвозмездной передачи вся сумма накопленной амортизации списывается в дебет счета 05 «Амортизация нематериальных активов» с кредита счета 04 «Нематериальные активы». Остаточная стоимость нематериальных активов списывается со счета 04 в дебет счета 91 «Прочие доходы и расходы». В дебет счета 91 списываются также все расходы, связанные с выбытием нематериальных активов, и сумма НДС по проданным и безвозмездно переданным нематериальным активам. По кредиту счета 91 отражается сумма выручки от продажи или другого дохода от выбытия нематериальных активов.

Финансовый результат от выбытия нематериальных активов формируется на счете 91 и затем списывается со счета 91 на счет 99 «Прибыли и убытки». При этом если сумма выручки от продажи нематериальных активов превышает их остаточную стоимость и расходы, связанные с выбытием, то разницу списывают в дебет счета 91 и кредит счета 99. Если же остаточная стоимость выбывших нематериальных активов не возмещается выручкой от их реализации, то разницу между ними списывают с кредита счета 91 в дебет счета 99.

При передаче нематериальных активов в счет вклада в уставные капиталы других организаций и в счет вклада в общее имущество по договору простого товарищества остаточная стоимость нематериальных активов списывается с кредита счета 04 в дебет счета 58 «Финансовые вложения». Сумма амортизации по переданным нематериальным активам списывается в дебет счета 05 с кредита счета 04.