Помимо осуществления аудита финансовой отчетности в обязательном или инициативном порядке аудиторы могут проводить аудиторские проверки по специальным аудиторским заданиям. К аудиторским заданиям могут относиться:

а) составление заключений  о правильности используемых схем бухгалтерских записей принципов оценки, порядка налогообложения и формы ответственности по договорам;

б) составление заключений о финансовых и правовых последствиях договоров по вложениям денежных средств в недвижимость, ценных бумаг

в) подготовка заключений о соблюдении аудируемым лицом условий кредитных договоров и иных специальных договоров

г) подготовка заключений о достоверности финансовой отчетности, составленной в соответствии с принципами иными, чем принимаются в РФ и другие задания.

Аудиторы могут получать специальные аудиторские задания от  аудируемых лиц, государственных  органов, заинтересованных пользователей финансовой отчетности (пример, банков, партнеров по бизнесу). Содержание, характер и объемы работы аудиторов по специальным заданиям зависят от конкретных целей и характера предстоящей проверки. В соответствии со специальным аудиторским заданием аудиторы могут выразить мнение относительно одного или нескольких статей бухгалтерского учета, пример, о состояние дебиторской и кредиторской задолженности, наличии и состоянии материально-производственных запасов, основных средств. При проверке отдельных статей бухгалтерской отчетности аудитору необходимо учитывать, что каждый из них тесно связан с другими статьями отчетности, пример, сумма статьи по ТМЦ или сумма кредиторской задолженности тесно взаимосвязаны с показателями выручки от реализации.

Аудиторская организация может выразить мнение относительно договоров и контрактов, регулирующих гражданско-правовые отношения, правильность их исполнения. Если для проведения такого аудита необходимо наличие специальных знаний, то аудитор может привлечь к этой работе экспертов. При проверки финансовой отчетности, составленной в соответствии с принципами, отличающимися от российских принципов бухгалтерского учета. Аудиторы должны оценить возможность пользователя финансовой отчетности по их применению. Заключение аудиторов в этом случае должно содержать указания на применявшиеся принципы учета. В заключении должно быть указано подготовлена ли финансовая отчетность в соответствии с этими принципами во всех её существенных аспектах.

Аудиторы могут готовить аудиторское заключение по специальным отчетам аудируемых лиц, составляемых за ряд смежных лет. Аудируемые лица готовят такие отчеты с целью информирования пользователей интересующихся основными данными деятельности организации. Обобщенный отчет менее детализирован, чем бытовые отчеты, поэтому в таких отчетах должно быть ясно обозначено, что они имеют сокращенный характер и каждому пользователю для лучшего понимая финансового положения организации в дополнение к общему отчету необходимо использовать и годовые отчеты. Обобщенный отчет не содержит всей информации, которая должна содержатся в бухгалтерской отчетности, поэтому в заключении аудиторов не должна использоваться фраза «достоверно во всех существенных аспектах».

При осуществлении заданий полученных от государственных органов (пример, проведение судебной экспертизы, при проведении проверок по заданиям правоохранительных органов), аудиторы должны излагать свои выводы в той последовательности, в какой были поставлены опросы в аудиторском задании. При этом каждый вывод должен содержать установленные аудиторами факты со ссылкой на соответствие правовых норм. В случае установления нарушений аудитор должен указать, какой именно нормативный акт нарушен за какой период, описать обстоятельства, способствующие нарушению. Если это представляется возможным, необходимо указать должностных лиц, несущих ответственность за нарушение и оценить сумму материального ущерба. В своем заключении аудитор должен избегать выражений, которые могли быть истолкованы как совершение уголовного преступления (пример, халатность, хищение, растрата, присвоение и др.) Если бы аудиторы применяли такие термины, то они бы вышли за рамки своей компетенции, т.к. давать юридическую оценку действиям или бездействиям лиц вправе только судебные и следственные органы. Содержание заключения аудиторов должно обеспечивать возможность, однозначно определить обоснованность выводов аудиторов и доказательную ценность заключения. Порядок составления аудитрских заключений по специальным  аудиторским заданиям регулируется правилом (стандартом) аудиторской деятельности «Заключение аудиторской организации по специальным аудиторским заданиям» (одобрено комиссией по аудиту при президенте 20 октября 1999 г. протокол №6), хотя с введением закона об аудиторской деятельности ранее принятые стандарты утратили юридическую силу настоящий стандарт применяется вплоть до настоящего времени в связи с тем, что был введен новое правило (стандарт).