В целом при проверки правильности уплаты налогов аудируемой организации, аудитор рассматривает следующие вопросы:
1. Правильность определения налогооблагаемой базы по соответствующему налогу
2. Законность установления и правильность применения льгот по налогам
3. Правильность применения действующих ставок налогообложения
4. Правильность начисления сумм налогов, полнота и своевременность их уплаты в бюджет. В том случае, если организацией допущены нарушения в сроках и суммах уплаты аудитору следует рассмотреть данные факты и выяснить их причины. Правильность отражения сумм дебиторской и кредиторской задолженности по уплате налогов на начало и конец аудируемого периода подтверждается актами сверки с ИФНС. В случае их отсутствия аудитору следует направить в соответствующую инспекцию запрос.
Аудитору следует также рассмотреть акты налоговых проверок, которые проводились в отношении аудируемой организации, аудитору следует проанализировать отраженные в этих актах замечания и нарушения налогового законодательства, факты неправильного начисления налогов в случае начисления штрафных санкций и их обоснованность. В том случае, если аудитор считает, что отраженные в акте налоговой проверки нарушения не соответствуют действительности аудитор может совместно с руководителем аудируемой организации обратиться в ИФНС или суд. По отраженным в налоговой проверки фактов, признанных действительными аудитор рассматривает причины таких нарушений и разрабатывает мероприятия по их устранению.